Centrum św. Jana rozpoczęło swoje istnienie w 1995 i było wynikiem porozumienia między Nadbałtyckim Centrum Kultury a Archidiecezją Gdańską, będącą właścicielem kościoła św. Jana w Gdańsku. Planowano uruchomienie tu miejsca będącego połączeniem sali koncertowej i wystawowej.
W Centrum św. Jana odbywają się liczne koncerty, pokazy, przedstawienia, wystawy i inne wydarzenia artystyczne. Centrum idealnie spełnia swoją funkcje będąc miejscem otwartym na różnorodne projekty artystyczne. Nadbałtyckie Centrum Kultury współpracuje z pomorskimi placówkami kulturalnymi poprzez organizowanie wydarzeń artystycznych i kulturalnych w kościele św. Jana. Odbywa się tu na przykład Festiwal Szekspirowski, Świętojańskie Świętowanie, Festiwal Muzyki Inspirowanej Folklorem Dźwięki Północy, Festiwal Kultur Świata Okno na świat, Gdańska Wiosna Muzyczna,Festiwal Muzyki Gospel Camp Meeting oraz wiele innych.
Centrum św. Jana jest instytucja rozpoznawalną zarówno w Polsce jak i w Europie.
Centrum św Jana jest otwarte dla zwiedzających codziennie w następujących godzinach:
– od poniedziałku do soboty 10:00-18:00
– w niedziele 15:00-18:00.