Kościół św. Marcina powstawał w latach 1637-40 według projektu Jana Trevano w stylu wczesno barokowym. Przeznaczony był początkowo dla karmelitanek bosych. W 1787 roku podjęto decyzję o przeprowadzce zakonnic do podobnego klasztoru zlokalizowanego na ulicy Wesołej (dzisiejsza Kopernika), następnie kościół zamknięto i wystawiono na sprzedaż. Po około trzydziestu latach dzięki staraniom prof. J. S. Bandtkiego Senat Rzeczpospolitej Krakowskiej w 1816 roku przekazał były kościół św. Marcina ewangelikom krakowskim. Miało to być zadośćuczynienie za krzywdy wyrządzone w przeszłości, kiedy trzykrotnie niszczono im ich kościół przy ulicy św. Jana.
Klasycystyczny ołtarz pochodzi z 1870 roku, retabulum kryje obraz ukazujący Uciszenie burzy na morzu, którego autorem jest Henryk Siemiradzki. Na uwagę zasługuje również drewniany, gotycki krucyfiks (1370 r.), witraż z okresu międzywojennego przedstawiający upadek w grzech i wylanie Ducha Świętego oraz płaskorzeźba Mikołaja Reja wykonana według projektu prof. Jana Raszki.
Przed stołem komunijnym znajduje się chrzcielnica uwieńczona postacią Jezusa Chrystusa poddającego się chrztowi Jana Chrzciciela. Nad chrzcielnicą umieszczona jest ambona.
Nad wejściem do kościoła widnieje napis: frustra vivit, qui nemini prodest (na próżno żyje, kto nikomu nie przynosi pożytku).
Jestem parę